このソフトのプログラムファイルは MPJApp.jar です。
アプリケーション版として起動させられます。

同時に、アプレット版の動作にも使っています。
こちらはWebページと同じフォルダ内に置くだけです。

この二つの使い方は区別してください。

[MPJigsaw_13]
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 |--MPJApp.jar（アプリケーション版はこちらを使う）
 |     ※アプレット用に使ってはいけない
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 |--[pattern] 
 |--[base] 
 |--[back] 
 |--[se] 
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 |--[save] 
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 |--[applet] 
 |   |
 |   |--MPJApp.jar（アプレット版の動作のみに使う）
 |   |     ※アプリケーションとして使ってはいけない
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 |   |--*.htm
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 |   |--[pattern] 
 |   |--[base] 
 |   |--[back] 
 |   |--[se] 

applet フォルダ内の MPJApp.jar はアプレット専用です。
ファイル自体は同じですが、アプリケーションとして使ってはいけません。

いけない理由は、アプリケーション版でのファイル管理の仕組みにあります。

ファイルの位置は MPJApp.jar 自身からの相対パスで管理されます。
（違うPC同士でセーブファイルの互換性を保つため）

上の図で、二つの MPJApp.jar は置かれた場所（パス）が違います。
アプリケーション版に使う MPJApp.jar は一つに固定せねばいけません。